A la diferencia del resto del Departamento, las Fenouillèdes pertenecían ya a la corona de Francia antes del Tratado de los Pirnieos que fijó las fronteras actuales entre Francia y España.
En 1258 con el Tratado de Corbeil las Fenouillèdes fueron incorporadas a la corona de Francia mientras el resto del territorio quedaba propriedad de Cataluña en España. Mientras tanto el ejército francés se había apoderado de los castillos donde se habían refugiado los cátaros. Fue el momento idóneo para reprimir la rebelión iniciada contra la Iglesia por los «Bons Hommes » y las «Bonnes Femmes» (Hombres buenos/Buenas Mujeres) llamados « Perfectos », o sea los famosos cátaros.
La Epopeya cátara
Los Perfectos se oponen a la Iglesia católica todopoderosa y sobre todo a la imagen de esa sociedad abierta a la tentación y a la corrupción que ellos consideran muy alejada de la verdadera fe religiosa. Entonces, van a dedicarse a una vida sencilla y casta, a veces hasta un extremo. Al principio este movimiento atrae particularmente las clases nobles y burguesas, pero luego se extiende a todas las clases de la sociedad. Los Señores del Sur van a protegerles, abriéndoles las puertas de sus castillos en los alrededores de Tolosa (Foix, Albi, Peyrepertuse, etc). Admiten aún más fácilmente este movimiento anticonformista que ellos mismos reivindican cada día más su autonomía y su independencia frente a la Corona de Francia. Mucho más tarde, se dio el nombre de « castillos cátaros » a esos castillos donde se han refugiado y donde les han protegido, pero no son los Perfectos quienes los han construido. Su fe se basaba en la sencillez, oponiéndose a las comodidades y a las posesiones materiales, y en consecuencia solían desprenderse de sus bienes, sea lo que sea su valor, patrimonial o no. Condenados como herejes por la iglesia romana, la erradicación de la herejía se intensifica en el siglo XII, y más aún en el XIV con el Papa Inocencio III que decidió lanzar la cruzada contra los Cátaros en 1208. Es la primera cruzada que tendrá lugar en tierra cristiana.
De la Cruzada contra los Albigenses al Tratado de los Pirineos
Va a coincidir la voluntad de la Iglesia de reprimir los que rechazan su supremacia con la voluntad política y militar de la Corona de Francia de someter a los señores del Sur que buscan su independencia .
En 1240, el castillo de Peyrepertuse, imitado en 1250 por el castillo de Puylaurens, pierde su independencia y va a ser reunido a la corona francesa.
El Castillo de Quéribus cae en manos del ejercito francés en mayo de 1255. Ya en agosto van a empezar las obras de restauración de los tres castillos. En 1258, precisamente cuando el castillo de Saint-Pierre en Fenouillet llega a ser posesión de la corona francesa, Francia va a firmar con la corona de Aragon el Tratado de Corbeil que fija la frontera franco-española. Está señalizada con unos mojones, visibles todavía en los límites de las Fenouillèdes, especialmente a proximidad de Latour-de-France y Belesta. Las Fenouillèdes van a ser integradas a Francia mientras Cataluña dependerá totalmente de la corona aragonesa.
Las Fenouillèdes llegarán a ser un espacio de conflictos permanentes entre las dos coronas, provocando miseria y pobreza local. La situción va a ser resuelta por el Tratado de los Pirineos en 1659 que fija la frontera franco-española tal como la conocemos hoy día. Cataluña entonces quedará partida en dos, una parte siguiendo siendo española, mientras la otra pasa a ser francesa.
Creación de los departamentos
En 1750, la Asemblea Constituyente vota un decreto que valida los nombres y los límites de los departamentos. Entonces, las Fenouillèdes van a ser partidas en dos : una parte reunida al Aude, y la otra a los Pirineos Orientales, llamándose Cataluña francesa.
Esas raíces históricas locales siguen dejando huellas todavía en la diferencia de cultura en este departamento.